Một tình huống thực tế đáng chú ý vừa được Cục Thuế phản hồi bằng Công văn số 5866/CT-CS ngày 14/8/2026, liên quan đến cách áp dụng quy định “hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn thuế GTGT” đối với các doanh nghiệp không trực tiếp nhập khẩu mà mua hàng có nguồn gốc nhập khẩu từ thương nhân nội địa rồi xuất khẩu tại chỗ cho doanh nghiệp chế xuất (DNCX). Đây là vướng mắc có thể liên quan đến nhiều doanh nghiệp trong chuỗi cung ứng cho các DNCX tại Việt Nam, đặc biệt là các nhà cung cấp vật tư, linh kiện cho khối FDI sản xuất, xuất khẩu. Trustlineax tổng hợp lại vụ việc để doanh nghiệp có mô hình kinh doanh tương tự tham khảo.
1. Căn cứ pháp lý được nêu
- Công văn số 5866/CT-CS ngày 14/8/2026 của Cục Thuế, phản hồi kiến nghị của doanh nghiệp trong vụ việc và Thuế thành phố Hà Nội về vướng mắc thuế GTGT.
- Văn bản kiến nghị ngày 15/6/2026 của doanh nghiệp trong vụ việc — gửi Thủ tướng Chính phủ và các bộ, ngành liên quan.
- Quy định được viện dẫn: khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP) và điểm b, khoản 4, Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC, có hiệu lực trong giai đoạn từ 01/7/2016 đến trước 01/02/2018:
“Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn.”
2. Doanh nghiệp gặp vướng mắc gì?
Doanh nghiệp trong vụ việc là một công ty 100% vốn nước ngoài, thành lập tại Hà Nội từ năm 2013, chuyên cung cấp vật tư, thiết bị cho các doanh nghiệp chế xuất (DNCX) trong lĩnh vực sản xuất, xuất khẩu tại Việt Nam.
Theo văn bản kiến nghị, mô hình hoạt động là: doanh nghiệp mua hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu từ các thương nhân nội địa tại Việt Nam (tức bên thứ ba đã nhập khẩu hàng từ nước ngoài và bán lại trong nước) — doanh nghiệp không trực tiếp nhập khẩu — sau đó bán lại cho các DNCX theo hình thức xuất khẩu tại chỗ.
Trong giai đoạn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC có hiệu lực (01/7/2016 – trước 01/02/2018), cơ quan thuế đã áp dụng quy định “hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn thuế” cho cả trường hợp hàng hóa có xuất xứ nhập khẩu mua qua thương nhân nội địa — dẫn đến doanh nghiệp không được hoàn thuế GTGT đầu vào, với số thuế tồn đọng lũy kế lên tới 58,2 tỷ đồng.
Lập luận của doanh nghiệp
Doanh nghiệp cho rằng cách hiểu và áp dụng như trên là mở rộng phạm vi quy định không có cơ sở rõ ràng, vì:
- Doanh nghiệp không phải là đơn vị trực tiếp nhập khẩu hàng hóa — hàng hóa được mua thông qua giao dịch mua bán thông thường trên thị trường nội địa với các thương nhân Việt Nam đã nhập khẩu.
- Theo nguyên tắc giải thích pháp luật, cụm từ “hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu” cần được hiểu là hàng hóa do chính cơ sở kinh doanh đó nhập khẩu rồi sau đó chính cơ sở đó xuất khẩu — không áp dụng cho trường hợp mua lại hàng có nguồn gốc nhập khẩu qua một giao dịch nội địa độc lập.
Hậu quả tài chính doanh nghiệp nêu ra
- Với cơ cấu doanh thu trên 80% là xuất khẩu tại chỗ cho DNCX (thuế suất GTGT 0%), doanh nghiệp không phát sinh đủ thuế GTGT đầu ra để khấu trừ hết số thuế đầu vào tồn đọng, khiến phương thức chuyển sang khấu trừ (thay vì hoàn thuế) không khả thi trên thực tế.
- Để bù đắp thiếu hụt vốn lưu động, doanh nghiệp phải vay 5.000.000 USD từ công ty mẹ ở nước ngoài và vay thêm từ các ngân hàng thương mại trong nước.
- Tổng chi phí lãi vay phát sinh từ các khoản vay này được doanh nghiệp nêu là vượt quá 400.000 USD/năm.
3. Cục Thuế phản hồi thế nào?
Tại Công văn số 5866/CT-CS, Cục Thuế nhắc lại nguyên văn quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP, và khẳng định về nguyên tắc: cơ sở kinh doanh nhập khẩu sau đó xuất khẩu thì không được hoàn thuế GTGT.
Tuy nhiên, Cục Thuế cũng ghi nhận nội dung doanh nghiệp nêu — rằng doanh nghiệp không trực tiếp nhập khẩu mà mua của doanh nghiệp trong nội địa sau đó xuất khẩu. Trên cơ sở đó, Cục Thuế đề nghị Thuế thành phố Hà Nội rà soát hồ sơ thực tế của doanh nghiệp để xem xét, giải quyết theo quy định và theo thẩm quyền, đồng thời báo cáo tình hình giải quyết vướng mắc gửi về Cục Thuế trước ngày 28/8/2026.
Lưu ý quan trọng: Công văn số 5866/CT-CS chưa phải là kết luận cuối cùng khẳng định doanh nghiệp được hoàn thuế. Đây là văn bản chỉ đạo rà soát hồ sơ thực tế và giao thẩm quyền xử lý cụ thể cho Thuế thành phố Hà Nội, kèm thời hạn báo cáo lại. Kết quả xử lý cụ thể (có được hoàn thuế phần hay toàn bộ số 58,2 tỷ đồng tồn đọng hay không) chưa được thể hiện trong công văn này.
4. Bài học rút ra cho doanh nghiệp có mô hình tương tự
Với các doanh nghiệp cung ứng cho DNCX theo mô hình mua hàng có nguồn gốc nhập khẩu qua thương nhân nội địa (không trực tiếp nhập khẩu) rồi xuất khẩu tại chỗ, vụ việc trên gợi ý một số điểm cần lưu ý:
- Cần phân biệt rõ và lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch mua hàng là giao dịch mua bán nội địa với thương nhân trong nước (hóa đơn GTGT mua vào trong nước, hợp đồng mua bán nội địa…), không phải doanh nghiệp trực tiếp thực hiện thủ tục nhập khẩu — đây là căn cứ quan trọng nếu phát sinh vướng mắc tương tự về hoàn thuế.
- Trường hợp cơ quan thuế địa phương áp dụng quy định cấm hoàn thuế cho hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu đối với cả hàng mua qua trung gian nội địa, doanh nghiệp có thể tham khảo cách lập luận và kiến nghị như trong vụ việc này để cơ quan thuế xem xét lại theo đúng bản chất giao dịch.
- Đây là vướng mắc phát sinh trong giai đoạn áp dụng Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC (01/7/2016 – trước 01/02/2018) — doanh nghiệp có số thuế GTGT tồn đọng từ giai đoạn này do cùng nguyên nhân có thể cân nhắc rà soát lại hồ sơ, đối chiếu với cách xử lý mà Cục Thuế đang chỉ đạo Thuế thành phố Hà Nội thực hiện.
- Vì kết quả xử lý cụ thể vẫn đang chờ báo cáo từ Thuế thành phố Hà Nội, doanh nghiệp nên tiếp tục theo dõi diễn biến xử lý thực tế trước khi đưa ra kết luận rằng vướng mắc này đã được giải quyết dứt điểm theo hướng có lợi cho doanh nghiệp.
Bài viết được Trustlineax tổng hợp dựa trên Công văn số 5866/CT-CS ngày 14/8/2026 của Cục Thuế và văn bản kiến nghị liên quan của doanh nghiệp trong vụ việc. Nội dung phản ánh một vụ việc, vướng mắc cụ thể, mang tính chất tham khảo, không phải là văn bản quy phạm pháp luật và không thay thế tư vấn thuế chuyên biệt cho từng trường hợp cụ thể.