Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những thủ tục mà doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) quan tâm nhiều nhất, đặc biệt là doanh nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu. Với các doanh nghiệp này, thuế GTGT đầu vào thường lớn hơn nhiều so với thuế đầu ra, và nếu không hoàn được thì khoản thuế đó nằm “chết” trên bảng cân đối kế toán.
Từ ngày 01/7/2025, các trường hợp hoàn thuế GTGT được quy định tại Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 và hướng dẫn tại Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Điều 29 đến Điều 37). Từ ngày 01/01/2026, một số điều kiện tiếp tục được sửa đổi bởi Luật 149/2025/QH15 và Nghị định 359/2025/NĐ-CP. Bài viết dưới đây tổng hợp toàn bộ các trường hợp được hoàn thuế GTGT, sau đó đi sâu vào trường hợp phổ biến nhất với doanh nghiệp FDI: hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu.
Tóm tắt nhanh
| Trường hợp hoàn thuế | Ngưỡng / điều kiện chính | Căn cứ |
|---|---|---|
| 1. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu | Thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng; hoàn tối đa 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế | Khoản 1 Điều 15 Luật 48/2024; Điều 29 NĐ 181/2025 |
| 2. Dự án đầu tư | Sau bù trừ, thuế đầu vào của dự án còn từ 300 triệu đồng; đã góp đủ vốn điều lệ | Khoản 2 Điều 15; Điều 30 NĐ 181 |
| 3. Chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ thuế suất 5% | Thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng sau 12 tháng hoặc 4 quý liên tục | Điều 31 NĐ 181 |
| 4. Giải thể, phá sản | Có thuế nộp thừa hoặc thuế đầu vào chưa khấu trừ hết | Điều 32 NĐ 181 |
| 5. Người nước ngoài mua hàng mang theo khi xuất cảnh | Hoàn qua cơ chế hoàn thuế tại cửa khẩu | Điều 33 NĐ 181 |
| 6. Dự án ODA không hoàn lại, viện trợ | Hoàn thuế đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam | Điều 34 NĐ 181 |
| 7. Đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao | Hoàn thuế ghi trên hóa đơn mua tại Việt Nam | Điều 35 NĐ 181 |
| 8. Quyết định của cơ quan có thẩm quyền, điều ước quốc tế | Theo quyết định / điều ước | Điều 36 NĐ 181 |
Xem tổng quan khung thuế GTGT tại Thuế GTGT Việt Nam 2026: hướng dẫn cho doanh nghiệp FDI.
Với doanh nghiệp FDI, ba trường hợp thường gặp nhất là xuất khẩu, dự án đầu tư (giai đoạn xây nhà máy, nhập máy móc) và giải thể. Trong đó hoàn thuế xuất khẩu là hồ sơ lặp lại thường xuyên nhất.
1. Điều kiện chung để được hoàn thuế GTGT
Theo Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp thuộc các trường hợp hoàn thuế xuất khẩu, dự án đầu tư, thuế suất 5% và giải thể phải đáp ứng đồng thời:
- Nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
- Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán.
- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của doanh nghiệp.
- Đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào (hóa đơn hợp lệ, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên, và đối với hàng xuất khẩu thì có thêm hợp đồng, tờ khai hải quan).
Thay đổi quan trọng từ 01/01/2026: điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho doanh nghiệp đề nghị hoàn” (điểm c khoản 9 Điều 15 Luật 48/2024 và khoản 3 Điều 37 NĐ 181) đã được bãi bỏ bởi Luật 149/2025/QH15 và Nghị định 359/2025/NĐ-CP. Trước đây, đây là lý do khiến nhiều hồ sơ hoàn thuế bị loại một phần vì nhà cung cấp chậm nộp tờ khai hoặc còn nợ thuế. Doanh nghiệp vẫn cần chọn nhà cung cấp cẩn thận, vì hóa đơn không hợp pháp vẫn bị loại khỏi số thuế được khấu trừ, hoàn.
2. Các trường hợp được hoàn thuế GTGT
2.1. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
Doanh nghiệp trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng, quý. Trường hợp này được phân tích chi tiết ở phần 3.
2.2. Hoàn thuế đối với dự án đầu tư
Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới hoặc dự án mở rộng (kể cả dự án chia nhiều giai đoạn, hạng mục) đang trong giai đoạn đầu tư được bù trừ thuế đầu vào của dự án với thuế phải nộp của hoạt động đang sản xuất kinh doanh (nếu có). Sau bù trừ, nếu thuế đầu vào của dự án còn từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn.
Lưu ý cho doanh nghiệp FDI:
- Chưa góp đủ vốn điều lệ như đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ: không được hoàn, chỉ được kết chuyển sang kỳ sau. Đây là lý do phổ biến khiến doanh nghiệp FDI mới thành lập bị từ chối hoàn thuế dự án.
- Dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện chưa đáp ứng đủ điều kiện (chưa có giấy phép khi pháp luật yêu cầu phải có): không được hoàn.
- Dự án khai thác tài nguyên, khoáng sản và dự án sản xuất sản phẩm từ tài nguyên, khoáng sản theo khoản 14 Điều 4 NĐ 181: không được hoàn.
- Dự án không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp: không thuộc diện hoàn thuế dự án đầu tư.
- Dự án đã hoàn thành mà chưa đề nghị hoàn: phải nộp hồ sơ trong vòng 01 năm kể từ ngày dự án, giai đoạn hoặc hạng mục đầu tư hoàn thành.
- Dự án chấm dứt khi chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh doanh thu chịu thuế: phải nộp lại số thuế đã được hoàn.
2.3. Hoàn thuế đối với doanh nghiệp chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%
Đây là điểm mới của Luật 48/2024. Doanh nghiệp chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5% (ví dụ một số sản phẩm nông nghiệp, thiết bị y tế, phân bón theo danh mục), nếu có thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tục thì được hoàn. Nếu doanh nghiệp có nhiều mức thuế suất, phải hạch toán riêng phần thuế đầu vào dùng cho hàng hóa thuế suất 5%; không hạch toán riêng được thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu.
2.4. Hoàn thuế khi giải thể, phá sản
Doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ khi giải thể, phá sản mà có thuế GTGT nộp thừa hoặc thuế đầu vào chưa khấu trừ hết thì được hoàn. Ngoại lệ: doanh nghiệp giải thể khi dự án đầu tư chưa đi vào hoạt động thì áp dụng quy định nộp lại thuế đã hoàn tại mục 2.2. Với chi nhánh giải thể, doanh nghiệp chủ quản được kế thừa số thuế nộp thừa hoặc chưa khấu trừ hết để khấu trừ, hoàn thuế.
2.5. Các trường hợp khác
- Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua hàng tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh (trừ thành viên tổ bay, thủy thủ đoàn).
- Chương trình, dự án dùng vốn ODA không hoàn lại, viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo: chủ dự án, nhà thầu chính, tổ chức do nhà tài trợ chỉ định được hoàn thuế đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam.
- Đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao.
- Quyết định của cơ quan có thẩm quyền và điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
3. Đi sâu: hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu
Hàng hóa xuất khẩu chịu thuế suất GTGT 0%. Doanh nghiệp không thu thuế đầu ra nhưng vẫn trả thuế GTGT 8% hoặc 10% khi mua nguyên vật liệu, dịch vụ trong nước. Vì vậy doanh nghiệp FDI chuyên sản xuất xuất khẩu gần như luôn có thuế đầu vào chưa khấu trừ hết, và hoàn thuế là cách để thu hồi dòng tiền này.
3.1. Ai được hoàn?
Doanh nghiệp có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trong một số trường hợp đặc thù, đối tượng được hoàn được xác định như sau (Điều 29 NĐ 181):
| Trường hợp | Đối tượng được hoàn |
|---|---|
| Ủy thác xuất khẩu | Doanh nghiệp có hàng hóa ủy thác xuất khẩu (bên giao ủy thác), không phải đơn vị nhận ủy thác |
| Gia công chuyển tiếp | Doanh nghiệp ký hợp đồng gia công xuất khẩu với bên nước ngoài |
| Hàng xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài | Doanh nghiệp có hàng hóa xuất khẩu thực hiện công trình |
3.2. Trường hợp KHÔNG được hoàn: nhập khẩu rồi xuất khẩu sang nước khác
Luật 48/2024 loại trừ khỏi diện hoàn thuế xuất khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác, tức hàng hóa doanh nghiệp nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam rồi trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác xuất khẩu (mô hình thương mại thuần túy).
Điểm quan trọng với doanh nghiệp FDI sản xuất: Nghị định 181 làm rõ trường hợp loại trừ này không bao gồm nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu. Như vậy, doanh nghiệp nhập nguyên liệu về sản xuất ra thành phẩm rồi xuất khẩu vẫn được hoàn thuế bình thường. Doanh nghiệp vừa sản xuất vừa có hoạt động thương mại (nhập khẩu, xuất bán lại) cần tách riêng phần thuế đầu vào của hoạt động thương mại.
3.3. Cách xác định số thuế được hoàn
Theo khoản 1 Điều 15 Luật 48/2024, Điều 29 NĐ 181 và Điều 7 Thông tư 69/2025/TT-BTC, doanh nghiệp xác định theo các bước sau:
- Xác định kỳ hoàn thuế: từ kỳ tính thuế đầu tiên có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết liên tục chưa được hoàn đến kỳ tính thuế đề nghị hoàn.
- Xác định thuế đầu vào của hàng xuất khẩu: hạch toán riêng nếu được. Nếu không hạch toán riêng được, phân bổ theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu / tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế.
- Bù trừ với thuế phải nộp của hàng bán nội địa (nếu có).
- So với ngưỡng 300 triệu đồng: phần còn lại từ 300 triệu đồng trở lên mới được hoàn. Dưới 300 triệu đồng thì tiếp tục khấu trừ kỳ sau.
- Áp mức trần 10%: số thuế được hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế. Phần vượt trần được chuyển sang kỳ sau để xác định số được hoàn của kỳ hoàn thuế tiếp theo.
3.4. Ví dụ minh họa
Công ty TNHH A (100% vốn Hàn Quốc) sản xuất linh kiện điện tử, khai thuế GTGT theo tháng. Trong kỳ hoàn thuế từ tháng 7 đến tháng 9/2026:
- Doanh thu xuất khẩu: 20 tỷ đồng. Doanh thu bán nội địa: 5 tỷ đồng (thuế suất 10%, thuế đầu ra 500 triệu đồng).
- Tổng thuế GTGT đầu vào không hạch toán riêng được: 3 tỷ đồng.
| Bước | Cách tính | Kết quả |
|---|---|---|
| Tỷ lệ xuất khẩu | 20 / (20 + 5) | 80% |
| Thuế đầu vào của hàng xuất khẩu | 3 tỷ × 80% | 2,4 tỷ đồng |
| Bù trừ với thuế phải nộp nội địa | Thuế đầu ra nội địa 500 triệu − thuế đầu vào phân bổ cho nội địa 600 triệu = chưa phải nộp | Không phải bù trừ thêm |
| So ngưỡng 300 triệu | 2,4 tỷ ≥ 300 triệu | Đủ điều kiện |
| Trần 10% doanh thu xuất khẩu | 20 tỷ × 10% | 2 tỷ đồng |
| Số được hoàn | Min (2,4 tỷ; 2 tỷ) | 2 tỷ đồng |
| Chuyển kỳ sau | 2,4 tỷ − 2 tỷ | 400 triệu đồng |
Ví dụ này đã được đơn giản hóa. Cách bù trừ cụ thể giữa phần nội địa và phần xuất khẩu, cũng như phần thuế đầu vào phân bổ cho hàng nội địa còn dư, cần tính theo Điều 7 Thông tư 69/2025/TT-BTC và mẫu biểu hồ sơ hoàn thuế hiện hành.
3.5. Bộ chứng từ hàng xuất khẩu
Để thuế đầu vào của hàng xuất khẩu được khấu trừ, hoàn, doanh nghiệp cần có đủ:
- Hợp đồng bán, gia công hàng hóa, hợp đồng ủy thác xuất khẩu (nếu ủy thác).
- Tờ khai hải quan hàng xuất khẩu đã thông quan. Hàng xuất khẩu phải được xuất khẩu qua địa bàn hoạt động hải quan.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: tiền hàng xuất khẩu phải được thanh toán qua ngân hàng. Các trường hợp thanh toán bù trừ, thanh toán qua bên thứ ba, cấn trừ công nợ phải đúng hình thức pháp luật cho phép và có văn bản thỏa thuận.
- Hóa đơn hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
Nếu đến thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế mà chưa có chứng từ thanh toán (hàng bán trả chậm), doanh nghiệp vẫn kê khai, nhưng cần theo dõi để bổ sung chứng từ khi đến hạn thanh toán ghi trong hợp đồng. Không có chứng từ thanh toán khi đến hạn thì phải điều chỉnh giảm thuế đầu vào tương ứng. Xem thêm: Thanh toán qua ngân hàng và điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT hàng xuất khẩu.
3.6. Một số tình huống doanh nghiệp FDI hay gặp
Doanh nghiệp chế xuất (DNCX): DNCX mua nguyên vật liệu từ nội địa thường được áp dụng thuế suất 0% (bên bán nội địa coi là xuất khẩu vào khu phi thuế quan), nên DNCX ít khi phát sinh thuế đầu vào lớn để đề nghị hoàn. Ngược lại, nhà cung cấp nội địa bán hàng cho DNCX (thường cũng là doanh nghiệp FDI) lại là bên có thuế đầu vào cần hoàn, nếu đáp ứng đủ hồ sơ xuất khẩu vào khu phi thuế quan.
Xuất khẩu tại chỗ: hàng hóa giao cho doanh nghiệp tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài. Đây là mô hình rất phổ biến trong chuỗi cung ứng FDI và có yêu cầu riêng về tờ khai, thanh toán. Xem phân tích chi tiết tại: Hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu qua trung gian nội địa và xuất khẩu tại chỗ.
Thời điểm ghi nhận doanh thu xuất khẩu: doanh thu xuất khẩu dùng để tính tỷ lệ phân bổ và mức trần 10% phải được ghi nhận đúng kỳ. Sai thời điểm có thể làm sai số được hoàn. Xem: Thời điểm tính thuế doanh thu xuất khẩu với thuế GTGT và TNDN.
Doanh nghiệp vừa xuất khẩu vừa bán nội địa: nên thiết lập hạch toán riêng thuế đầu vào theo dòng sản phẩm hoặc theo đơn hàng ngay từ đầu. Phân bổ theo tỷ lệ doanh thu thường bất lợi khi doanh thu nội địa có thuế suất cao nhưng biên lợi nhuận thấp.
4. Thủ tục và thời hạn giải quyết
Doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin của cơ quan thuế sau khi đã nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ đề nghị hoàn. Cơ quan thuế phân loại hồ sơ thuộc diện:
- Hoàn thuế trước, kiểm tra sau: thời hạn giải quyết ngắn (chậm nhất 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo tiếp nhận hồ sơ, theo Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, áp dụng từ 01/07/2026).
- Kiểm tra trước, hoàn thuế sau: cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp trước khi ra quyết định (từ 01/07/2026, quyết định hoàn thuế được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành kết luận kiểm tra; trước đây Luật Quản lý thuế 2019 quy định 40 ngày). Hồ sơ đề nghị hoàn lần đầu, doanh nghiệp có rủi ro cao, hoặc từng vi phạm về thuế, hải quan thường thuộc diện này.
Thời hạn và thủ tục cụ thể cần đối chiếu với quy định quản lý thuế đang có hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ.
5. Những lý do hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu hay bị loại
- Thanh toán tiền hàng xuất khẩu không qua ngân hàng hoặc người thanh toán không phải bên mua trong hợp đồng mà không có thỏa thuận hợp lệ.
- Hóa đơn đầu vào của doanh nghiệp bỏ trốn, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, hoặc hóa đơn không hợp pháp.
- Hàng hóa thương mại nhập khẩu rồi xuất khẩu được gộp chung vào thuế đầu vào của hàng sản xuất xuất khẩu.
- Thuế đầu vào phân bổ sai tỷ lệ, hoặc doanh thu xuất khẩu ghi nhận sai kỳ.
- Thuế đầu vào không liên quan đến hoạt động xuất khẩu (chi phí phúc lợi, tài sản phục vụ hoạt động không chịu thuế…).
- Số liệu trên tờ khai hải quan không khớp với hóa đơn, sổ kế toán, hoặc định mức nguyên vật liệu bất hợp lý.
6. Checklist trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu
- Đã nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ đề nghị hoàn, số chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng.
- Đã góp đủ vốn điều lệ (đối với hồ sơ hoàn thuế dự án đầu tư).
- Bảng kê tờ khai hải quan xuất khẩu đã thông quan trong kỳ hoàn thuế.
- Bảng kê chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng xuất khẩu.
- Bảng tính phân bổ thuế đầu vào (nếu không hạch toán riêng) và tính trần 10%.
- Rà soát danh sách nhà cung cấp: trạng thái mã số thuế, hóa đơn hợp lệ.
- Tách riêng thuế đầu vào của hàng thương mại nhập khẩu rồi xuất khẩu (không được hoàn).
- Đối chiếu doanh thu xuất khẩu giữa hóa đơn, tờ khai hải quan và sổ kế toán.
- Chuẩn bị hồ sơ giải trình định mức, nếu là hồ sơ kiểm tra trước.
TrustlineAX hỗ trợ doanh nghiệp FDI rà soát điều kiện, lập hồ sơ hoàn thuế GTGT xuất khẩu và dự án đầu tư, và làm việc với cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra. Xem dịch vụ hoàn thuế GTGT hoặc liên hệ TrustlineAX để được tư vấn.
Miễn trừ trách nhiệm
Bài viết dựa trên:
- Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (Điều 14, Điều 15), được sửa đổi bởi Luật số 149/2025/QH15 từ ngày 01/01/2026;
- Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Mục 3 Chương III, Điều 29 đến Điều 37), được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP;
- Thông tư 69/2025/TT-BTC (Điều 7, Điều 8) về cách xác định số thuế GTGT được hoàn;
- Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn về thủ tục hoàn thuế.
Lưu ý phạm vi:
- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế nộp trước ngày 01/01/2026 mà chưa có quyết định hoàn có thể áp dụng quy định chuyển tiếp riêng.
- Ví dụ trong bài được đơn giản hóa để minh họa. Số liệu thực tế phải tính theo mẫu biểu và hướng dẫn hiện hành.
- Hoàn thuế GTGT đối với doanh nghiệp chế xuất, xuất khẩu tại chỗ và hàng gia công có nhiều tình huống đặc thù, cần xem xét theo từng hồ sơ.
Bài viết chỉ mang tính tham khảo, không thay thế văn bản pháp luật gốc và không phải là ý kiến tư vấn cho trường hợp cụ thể. Vui lòng kiểm tra quy định có hiệu lực tại thời điểm áp dụng và tham khảo ý kiến chuyên gia trước khi ra quyết định.
TrustlineAX — Tư vấn thuế, kế toán và tuân thủ cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.