Cập nhật: tháng 10/2026
Tải toàn văn Thông tư số 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 của Bộ Tài chính tại đây (PDF).
1. Thông tư 94/2026/TT-BTC thay đổi cách cơ quan thuế chọn doanh nghiệp để kiểm tra
Từ ngày 01/7/2026, việc doanh nghiệp có bị kiểm tra thuế hay không chủ yếu do kết quả chấm điểm rủi ro quyết định. Thông tư 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 của Bộ Tài chính quy định ít nhất 90% số trường hợp trong kế hoạch kiểm tra tại trụ sở hằng năm phải được chọn theo kết quả đánh giá tuân thủ và rủi ro, và tối đa 10% được chọn ngẫu nhiên (khoản 1 Điều 17).
Thông tư thay thế Thông tư 31/2021/TT-BTC và hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Ba điểm doanh nghiệp cần nắm:
- Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế do Cục Thuế vận hành tập trung (Điều 7). Phân hệ dùng phân tích dữ liệu lớn, học máy và trí tuệ nhân tạo để chấm điểm, cảnh báo và đề xuất kế hoạch kiểm tra. Kết quả của phân hệ chỉ là căn cứ hỗ trợ; quyết định cuối cùng vẫn thuộc công chức thuế có thẩm quyền.
- Dữ liệu được cập nhật liên tục, theo thời gian thực hoặc gần thời gian thực, từ nhiều nguồn: dữ liệu ngành thuế, các bộ ngành khác, cơ quan thuế nước ngoài, thông tin mua theo quy định (Điều 6).
- Việc đánh giá diễn ra tự động và định kỳ (khoản 4 Điều 4). Doanh nghiệp không biết mình đang ở mức nào, nhưng mọi tờ khai, hóa đơn, khoản nộp chậm đều được đưa vào điểm số.
2. Doanh nghiệp được phân loại như thế nào: 4 mức tuân thủ, 3 mức rủi ro
Mỗi doanh nghiệp được chấm hai lớp điểm. Lớp thứ nhất là mức độ tuân thủ. Lớp thứ hai là mức độ rủi ro, và kết quả tuân thủ cũng là một đầu vào của lớp này.
| Lớp đánh giá | Các mức | Bộ tiêu chí | Hệ quả chính |
|---|---|---|---|
| Mức độ tuân thủ (Điều 10) | Tuân thủ tốt, trung bình, thấp, không tuân thủ | Phụ lục I, 28 tiêu chí | Tuân thủ tốt: được xem xét khen thưởng, chế độ ưu tiên. Không tuân thủ: bị giám sát trọng điểm |
| Mức độ rủi ro (Điều 13) | Rủi ro cao, trung bình, thấp | Tổ chức: Phụ lục II, 191 tiêu chí. Cá nhân: Phụ lục III, 68 tiêu chí | Quyết định có bị kiểm tra trước, hoàn trước hay kiểm tra sau |
Cơ quan thuế có thể dùng một hoặc kết hợp ba phương pháp: chấm điểm, học máy và xếp hạng theo danh mục (Điều 5). Điểm số, trọng số và ngưỡng cụ thể sẽ do Cục Thuế ban hành sau (Điều 22). Vì vậy, hiện chưa thể biết chính xác bao nhiêu điểm thì bị xếp rủi ro cao.
3. Các tình huống dẫn đến kiểm tra thuế
Ngoài kế hoạch kiểm tra hằng năm, nhiều thủ tục thông thường cũng có thể dẫn đến kiểm tra nếu doanh nghiệp bị xếp rủi ro cao.
| Tình huống | Biện pháp khi rủi ro cao | Rủi ro trung bình, thấp | Điều khoản |
|---|---|---|---|
| Kế hoạch kiểm tra năm | Ưu tiên chọn từ cao xuống thấp | Có thể không bị chọn | Điều 17 |
| Kiểm tra hồ sơ khai thuế | Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế | Chưa kiểm tra | Điều 15 |
| Chuyển trụ sở sang địa bàn do cơ quan thuế khác quản lý | Cơ quan thuế nơi đi kiểm tra tại trụ sở | Trung bình: nơi đến đưa vào giám sát | Khoản 1 Điều 14 |
| Chấm dứt hiệu lực mã số thuế | Kiểm tra tại trụ sở | Đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ thuế | Khoản 3 Điều 14 |
| Khôi phục mã số thuế | Rà soát, kiểm tra trước khi khôi phục | Khôi phục theo quy định | Khoản 4 Điều 14 |
| Hoàn thuế | Kiểm tra trước, hoàn sau | Hoàn trước, kiểm tra sau | Điều 16 |
| Miễn, giảm thuế | Kiểm tra tại trụ sở | Giải quyết hồ sơ, kiểm tra sau | Điều 19 |
| Hóa đơn điện tử | Không chấp nhận đăng ký hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử | Chọn mẫu rà soát, kiểm tra | Khoản 1 Điều 20 |
Ngoài ra, khi có thông tin từ đơn tố cáo, kết quả thanh tra, kiểm toán hoặc cơ quan điều tra, thủ trưởng cơ quan thuế được thay đổi hình thức và mức độ kiểm tra (khoản 4 Điều 8).
Điều 9 còn quy định trường hợp giám sát trọng điểm. Doanh nghiệp rơi vào diện này nếu có một trong các dấu hiệu: giao dịch ngân hàng đáng ngờ, bị khởi tố về thuế hoặc hóa đơn, rủi ro cao thuộc chuyên đề trọng điểm, thuộc mức không tuân thủ. Đáng chú ý, chỉ cần không giải trình, hoặc giải trình không đầy đủ, không đúng hạn theo văn bản của cơ quan thuế cũng đủ để bị giám sát trọng điểm.
4. Hoàn thuế GTGT: hoàn phần không rủi ro, tạm dừng phần có rủi ro
Với hồ sơ hoàn thuế GTGT rủi ro trung bình hoặc thấp, cơ quan thuế hoàn trước phần chưa phát hiện rủi ro và tạm dừng hoàn phần có dấu hiệu rủi ro (tiết b.1, b.2 điểm b khoản 1 Điều 16). Phần bị tạm dừng được rà soát, kiểm tra trong vòng 2 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Ví dụ minh họa (tình huống giả định, không phải hồ sơ thực tế):
Công ty A là doanh nghiệp FDI sản xuất hàng xuất khẩu, đề nghị hoàn 5.000.000.000 đồng thuế GTGT. Hồ sơ được xếp rủi ro trung bình. Phân hệ phát hiện một số hóa đơn đầu vào do nhà cung cấp đang tạm ngừng kinh doanh xuất ra (Phụ lục II, STT 173), với tổng tiền thuế 1.200.000.000 đồng.
| Khoản mục | Số tiền (đồng) | Xử lý |
|---|---|---|
| Số thuế đề nghị hoàn | 5.000.000.000 | |
| Phần có dấu hiệu rủi ro | 1.200.000.000 | Tạm dừng hoàn, rà soát trong 2 năm |
| Phần chưa phát hiện rủi ro (5.000.000.000 − 1.200.000.000) | 3.800.000.000 | Hoàn trước, kiểm tra sau |
Khi rà soát phần bị tạm dừng, cơ quan thuế quản lý nhà cung cấp phải phối hợp trao đổi thông tin hoặc kiểm tra tại trụ sở bên bán. Nếu trong quá trình giải quyết phát hiện dấu hiệu rủi ro cao, hồ sơ có thể bị chuyển sang diện kiểm tra trước, hoàn sau (khoản 3 Điều 16).
Thời hạn kiểm tra sau hoàn (khoản 4 Điều 16), giả sử quyết định hoàn thuế ban hành ngày 15/11/2026:
| Mức rủi ro của hồ sơ | Thời hạn kiểm tra sau hoàn | Hạn cuối trong ví dụ |
|---|---|---|
| Rủi ro cao (không thuộc diện kiểm tra trước) | 1 năm | 15/11/2027 |
| Rủi ro trung bình | 3 năm | 15/11/2029 |
| Rủi ro thấp | 5 năm | 15/11/2031 |
Cơ quan thuế có thể kiểm tra sớm hơn các thời hạn này. Doanh nghiệp vì vậy nên lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh cho từng hóa đơn đầu vào ít nhất đến hết thời hạn kiểm tra sau hoàn.
5. Những dấu hiệu khiến doanh nghiệp FDI dễ bị xếp rủi ro cao
Phụ lục II có 191 tiêu chí. Dưới đây là các tiêu chí thường gặp ở doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
| Nhóm | Tiêu chí | Tham chiếu |
|---|---|---|
| Kết quả kinh doanh | Lỗ liên tục nhưng vẫn mở rộng quy mô sản xuất, kinh doanh | Phụ lục II, STT 64 |
| Giao dịch liên kết | Chuyển nhượng vốn, liên doanh, liên kết; chi phí lãi vay không được trừ với bên liên kết | Phụ lục II, STT 175, 176 |
| Lợi nhuận | Tình hình chi trả cổ tức cho cổ đông | Phụ lục II, STT 189 |
| Báo cáo tài chính | Ý kiến kiểm toán; tình hình nộp báo cáo tài chính đã kiểm toán | Phụ lục II, STT 28, 29 |
| Nhân sự | Số nhân viên không tương xứng với quy mô; thông tin kế toán trưởng | Phụ lục II, STT 9, 10 |
| Người đại diện | Nơi cư trú, tuổi, việc tham gia BHXH của người đại diện theo pháp luật | Phụ lục II, STT 14, 16, 17 |
| Kê khai | Thường xuyên điều chỉnh, bổ sung tờ khai; tờ khai có tất cả chỉ tiêu bằng 0 | Phụ lục II, STT 26, 27 |
| Hóa đơn | Mua hoặc bán hàng với doanh nghiệp đang tạm ngừng, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký | Phụ lục II, STT 173, 174 |
| Lịch sử kiểm tra | Kỳ kiểm tra gần nhất; số thuế từng bị truy thu, phạt, tính tiền chậm nộp | Phụ lục II, STT 164 đến 167 |
Tiêu chí cuối đáng lưu ý: kết quả các lần kiểm tra trước được đưa trở lại vào điểm rủi ro. Doanh nghiệp từng bị truy thu sẽ dễ bị xếp rủi ro cao hơn ở kỳ sau.
Theo chiều ngược lại, Thông tư có một tiêu chí cộng điểm: doanh nghiệp tự nguyện đăng ký tuân thủ và sẵn sàng kết nối, chia sẻ dữ liệu sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ với cơ quan thuế (Phụ lục I STT 26, Phụ lục II STT 11).
6. Doanh nghiệp FDI nên chuẩn bị gì
Cách hiệu quả nhất để giảm rủi ro là làm đúng ngay từ đầu, vì mọi dữ liệu đều được ghi nhận vào điểm số.
- Nộp tờ khai đầy đủ và đúng hạn. Tỷ lệ tờ khai đã nộp và tỷ lệ nộp đúng hạn là hai tiêu chí đầu tiên trong nhóm kê khai (Phụ lục I, STT 6, 7).
- Kê khai đúng ngay từ đầu. Việc điều chỉnh, bổ sung tờ khai là một tiêu chí rủi ro. Khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp vẫn phải khai bổ sung theo quy định, nhưng nên rà soát kỹ trước khi nộp để hạn chế phải điều chỉnh.
- Kiểm tra tình trạng nhà cung cấp trước khi nhận hóa đơn. Tra cứu mã số thuế của nhà cung cấp mới, đặc biệt với các khoản mua lớn liên quan đến hồ sơ hoàn thuế.
- Trả lời văn bản của cơ quan thuế đầy đủ và đúng hạn. Không giải trình, hoặc giải trình thiếu, chậm đủ để bị giám sát trọng điểm (điểm d khoản 1 Điều 9).
- Không để phát sinh nợ thuế. Tuổi nợ, tần suất nợ và tổng số nợ đều là tiêu chí. Nợ thuế rủi ro cao có thể dẫn đến tạm hoãn xuất cảnh với người đại diện và cưỡng chế (khoản 1 Điều 18).
- Chuẩn bị hồ sơ trước các thay đổi lớn. Chuyển trụ sở sang địa bàn khác, tạm ngừng kinh doanh hay đề nghị hoàn thuế đều là thời điểm cơ quan thuế xem lại mức rủi ro.
- Giải trình được các chỉ số bất thường. Lỗ nhiều năm, giao dịch liên kết lớn, chi trả cổ tức, nhân sự ít so với doanh thu nên có hồ sơ giải thích sẵn, kể cả Phụ lục giao dịch liên kết nộp cùng quyết toán thuế TNDN.
- Lưu trữ hồ sơ đủ lâu. Với hồ sơ đã được hoàn thuế, giữ chứng từ ít nhất đến hết thời hạn kiểm tra sau hoàn (tối đa 5 năm).
7. Kết luận
Theo Thông tư 94/2026/TT-BTC, khả năng bị kiểm tra thuế phụ thuộc vào dữ liệu doanh nghiệp tạo ra hằng ngày: tờ khai, hóa đơn, khoản nộp, cách trả lời cơ quan thuế. Bộ chỉ số và ngưỡng điểm cụ thể sẽ do Cục Thuế ban hành sau. Trong lúc chờ, doanh nghiệp nên chủ động rà soát các tiêu chí nêu trên để không bị động khi nhận quyết định kiểm tra hoặc khi nộp hồ sơ hoàn thuế.
TrustlineAX hỗ trợ doanh nghiệp FDI rà soát tình hình tuân thủ thuế, kê khai, quyết toán và chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế. Liên hệ hello@trustlineax.com, hotline +84 376 375 068 hoặc gửi yêu cầu tư vấn để trao đổi.
Miễn trừ trách nhiệm
Bài viết được tổng hợp từ Thông tư số 94/2026/TT-BTC ngày 01/7/2026 của Bộ Tài chính quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Ví dụ trong bài là tình huống giả định nhằm minh họa. Nội dung chỉ mang tính tham khảo, không thay thế văn bản pháp luật gốc và không phải ý kiến tư vấn cho trường hợp cụ thể.